菁山自然中心為陽明山國家公園的保育研究基地,設有大屯火山觀測站與臺灣水韭域外保育區,同時設置「解析火山」、「解讀草山」與「動物標本展示」等常設展區,兼具研究與推廣任務,提供民眾一個認識國家公園的科學觀點。