魚、蝦、蟹、兩爬
陽明山國家公園園區內大小溪流遍布，為北部最重要的水域，在園區內溪流區域的魚類、兩棲類、爬蟲類及甲殼類等重要水生動物相調查，並兼以比較今昔溪流生態的變遷，並建立以溪流生態系為主的環境監測指標物種。
全區共捕獲21科60種水生動物，其中包括：魚類4科17種、蝦類2科5種、蟹類1科5種、兩棲類16種、爬蟲類7科17種。其中魚類共有6種臺灣特有 種，分別為臺灣纓口鰍、臺灣石魚賓、臺灣馬口魚、粗首鱲、明潭吻鰕虎、短吻紅斑吻鰕虎；蝦類只有臺灣米蝦為特有種，而3種特有種蟹類為日月潭澤蟹、宮崎氏 澤蟹與黃綠澤蟹；兩棲類部份，共發現盤古蟾蜍、面天樹蛙、褐樹蛙與台北樹蛙等4種台灣特有種；爬蟲類則僅有台灣鈍頭蛇、台灣草蜥及斯文豪氏攀蜥等3種特有 種。在動物分布方面，分布較為廣泛的魚種有臺灣馬口魚、臺灣鏟頜魚、臺灣石魚賓、明潭吻鰕虎，蝦類中的粗糙沼蝦為園區內的廣布種，蟹類則以日月潭澤蟹分布範圍最大；兩棲類以褐樹蛙及斯文豪氏赤蛙分布較廣，爬蟲類則以印度蜓蜥分布範圍較廣。