近年臺灣北部及陽明山國家公園地區的筆筒樹，發生疑似罹病死亡情況。為避免情況死亡族群過大，本處於98年著手進行陽明山國家公園梭欏科植物植群生態（及病理）之研究，建立以筆筒樹為主的梭欏科蕨類植物的植群群落資料以及罹病死亡的地理分佈資訊，並探討可能死亡原因釐清病害種類，同時給予必要防治措施以及保育方法，希望能作為臺灣其它地區之筆筒樹保育參考。
據林業試驗所出版之「松材線蟲防治手冊」，從民國七十四年在新北市石門區的琉球松林發生松材線蟲萎凋病後，就在全台陸續蔓延，本處以龍鳳谷地區發生較為嚴重，陽金公路及百拉卡公路一帶零星發生。本處根據上述防治手冊內容每年做一些必要防治處理，減緩蔓延機會以及避免枯樹倒伏危及遊客安全。
同樣園區內褐根病防治，為避免疫情擴大，同樣參酌林業試驗所出版之「褐根病診斷鑑定與防治手冊」，一旦有疫情通報立即進行防疫處理。